Основний процес роботи фрезерного верстата з ЧПК зазвичай включає в себе ввімкнення, повернення до контрольної точки, введення програми, затискання заготовки, налаштування інструменту, обробку та вимикання. Під час роботи необхідно дотримуватися правил безпеки, наприклад належного одягу та правильного використання кнопки аварійної зупинки.
Панель керування системою ЧПК зазвичай складається з ЕПТ-монітора, панелі MDI та панелі керування верстатом. Програмування є важливою навичкою для роботи з фрезерним верстатом з ЧПК, включаючи ручне та автоматичне програмування.
На верстатах із ЧПК, як-от на обробних центрах, фрезерування по сходах стало галузевим-стандартним методом різання завдяки довшій довговічності інструменту та меншому коливанню.
Вибір параметрів різання повинен відповідати певним принципам: чорнова обробка має на меті високу швидкість зняття металу, тоді як чистова обробка має на меті високу якість поверхні. Ключові параметри, такі як швидкість різання Vc і швидкість подачі столу F, можна розрахувати за допомогою формул.